高县历史悠久，据已出土的石器证实，远在四五千年前的新石器时代晚期，就已有人类在此繁衍生息。战国时，今县地为西南夷境域，属夜郎国地。秦始皇统一六国后，遣常頞开五尺道，县境乃归大一统的封建中央王朝。汉元光五年（前130年），置南广县，为南广县地至南齐。梁太清二年（548年），云南少数民族大牲爨瓒占据宁州，“袤延二千余里”，南广县因而荒废，今县内遂为东爨“乌蛮”（彝族）繁居之地。隋大业三年（607年）后为僚人据有。

唐开拓边地时，为安抚这一带少数民族，于此地置羁縻高州，隶于泸州，州治设在今陈村，辖轲巴、移甫、徒西3县，是为高县建置州县之始，迄今已1300余年。宋熙宁八年（1075年），民族首领得个祥献羁縻10州之地，羁縻高州随之入淯井监，政和四年（1114年），此地属于长宁军。

元至元十七年（1280年），与此地置高州，隶马湖路，州治在陈村，后迁怀远寨（今文江镇凤凰山下），大德七年（1303年）后，高州改隶于叙州路。

明洪武五年（1372年），降高州为高县，是为今高县之始建县。六年，隶叙州路。正德十三年（1518年）四月，高县复为高州。同时，治所由怀远寨迁至中坝（今县城南城），辖筠连、珙县2县。清顺治帝初，复降高州为高县。民国2年，改府为道，高县隶下川南道。3年，改下川南道为永宁道。18年，废道，高县直隶四川省。24年，属四川省第六行政督察区。

中华人民共和国建立后，高县于1949年12月11日和平解放。1950年1月8日，成立高县人民政府，属宜宾专区。1950年2月宜宾督察专员公署以宜秘字第23号令，将沐爱所辖14个乡镇归并高县。（1953年10月规划筠连县管辖）。1960年1月，庆符县并入。1968年8月，宜宾专区更名为宜宾地区，仍属之。1997年1月属宜宾市至今。2001年12月17日，经国务院批准，县政府驻地由文江镇迁至庆符镇。至2010年领属辖地相沿未再改变。